Ciao Leonardo. Ti rispondo, ovviamente, dal basso della mia esperienza.
Secondo me hai fatto una bella domanda, perché, guardando i cataloghi di oggi, per un fotografo di uccelli amatoriale-ma-puntiglioso, tuttavia non un professionista che deve vendere il proprio lavoro, l'autofocus è probabilmente la sola caratteristica che differenzia una reflex di bassa fascia da una più prestigiosa (parlo di funzionalità esclusivamente mirate alla realizzazione di una foto, non cose tipo la robustezza o la resistenza all'umido).
Ad esempio, io poco più di un anno fa ho comprato una Nikon D5000 (fascia medio-bassa) come secondo corpo, solo per il paesaggio, e causa limite peso del bagaglio aereo ho dovuto usare solo lei per una settimana in California, birding incluso, e se l'è cavata benissimo - più info sul mio blog:
http://stoppingdown.net/blog/?c=909).
Il suo limite è proprio l'autofocus (oltretutto, è esattamente lo stesso modulo della D200, che è la mia prima macchina, in imminente sostituzione) ed è proprio l'autofocus che sto valutando per il prossimo acquisto.
Per soggetti semi-statici o in movimento non troppo veloce l'unica cosa importante è separare il pulsante di scatto dall'autofocus (sulle Nikon è tipicamente riprogrammabile all'uopo il tasto AE-AF Lock). In questo modo si può usare la strategia "focus & recompose", per cui puoi mettere a fuoco una volta ogni tanto - magari con uno dei sensori centrali che sono tipicamente più sensibili - e poi tenere la stessa impostazione per parecchi scatti successivi, usando un'inquadratura più adeguata. Oltretutto eviti il rischio che l'autofocus si riattivi quando non vuoi (magari per colpa del classico filo d'erba) facendoti perdere degli scatti.
Sugli uccelli in volo, ho più da imparare che da dire. Qualche mese fa sono riuscito a fare dei disastri con dei nibbi bruni che mi volavano venti metri davanti al davanzale di un albergo

In generale, i vari meccanismi di autofocus sono da un lato così sofisticati, ma dall'altro anche così complessi, da richiedere molta pratica più che la teoria. Ci sono infatti questioni che dipendono grandemente dal modello. Per esempio, il processore della D200 (vecchia) è lento e la modalità che uno preferirebbe in teoria per gli uccelli al volo sullo sfondo del cielo (attivare tutti i sensori, fuoco sull'oggetto più vicino) è troppo impegnativa e alla fine diventa così lento che è impossibile seguire un uccello al volo. Questo il manuale NON te lo dice...